Le processus consiste à prélever dans un lieu donné un peu de terre ou de poussière, d'en extraire les microorganismes qui y vivent ou attendent en dormance (le microbiote du sol), et de les cultiver dans une boîte de Pétri sur un milieu gélosé adapté. La macrophotographie est prise après une période d'incubation allant de 48h à une semaine. L'échantillon de sol initial est par ailleurs conservé.